شروع کار او در لیگ برتر با عنوان دستیار مربی در تیم راه آهن آغاز شد و سپس هدایت تیم صبای قم را بر عهده گرفت که در ابتدای کار خود مدتی به عنوان سرمربی موقت نیز در این تیم فعالیت کرد. اما اسم او زمانی نقل محافل شد که به عنوان دستیار همکاری خود را با مانوئل ژوزه مربی پرتغالی پرسپولیس آغاز کرد و پس از او عنوان سرمربی را از آن خود کرد؛ در دوران حضور او پرسپولیس به ثبات خوبی دست یافت و به فینال جام حذفی نیز راه یافت.  اما در نهایت از کار کنار گذاشته شد تا فصل بعد به عنوان سرمربی تیم نفت تهران عملکرد خوبی از خود به نمایش بگذارد و به ذوب آهن بپیوندد.

دوبار قهرمانی با ذوب آهن در جام حذفی و نمایش قابل قبول در لیگ باعث شد تا گل محمدی به چهره ای تاثیرگذار بدل شود، اما با شروع لیگ شانزدهم شرایط برای او خوب پیش نرفت و در همان ابتدای کار بود که جای خود را پس از کشمکش هایی که میان او و سعید آذری مدیرعامل ذوب آهن به وجود آمد، به مجتبی حسینی داد.

در شرایطی که انتظار می رفت گل محمدی با برکناری احتمالی مربیان لیگ برتر، جایگزین آنها شود، اکسین البرز سراغ او رفت و به صورت کاملا غیرمنتظره جایگزین فیروز کریمی شد.

گل محمدی علیرغم شروع خوبی که با اکسین داشت و تیم یکپارچه ای را در نیم فصل دوم شکل داد، نتوانست به نمایش های خوب خود ادامه دهد و تساوی های پرشمار مانع از اضافه شدن این تیم به جمع مدعیان شد، تا در هفته های پایانی دیگر امیدی به صعود به لیگ برتر نداشته باشد.

اکسین در حال حاضر 43 امتیازی است و جایگاه خود را در میانه جدول تثبیت کرده؛ با این وصف به نظر می رسد که با پایان مسابقات لیگ آزادگان گل محمدی هم راه خروج از این تیم را در پیش گیرد و منتظر پیشنهاد تیم های لیگ برتری برای شروع لیگ هفدهم باشد.