هرچند فریدون نقش خود را در این ماجرا تکذیب کرد، اما نمی‌شود از نقش ویژه جنجالی او در دولت به سادگی گذشت.

او همیشه همراه با رئیس‌جمهور است از دیدارها بگیرید تا حضور در مجلس خبرگان و حتی به عنوان نماینده رئیس‌جمهور در مذاکرات هسته‌ای شرکت می‌کند.

بسیاری براین باور هستند که حسین فریدون در دولت یازدهم دقیقا همان نقشی را بازی می‌کند که اسفندیار رحیم مشایی در دولت احمدی‌نژاد بازی می‌کرد. بسیاری از منتقدان دولت بر این باور هستند که فریدون سوءاستفاده‌های مالی  فراوانی دارد که اگر دستگاه قضایی به آن رسیدگی کند تبدیل به یکی از جنجالی‌ترین پرونده‌های تاریخ خواهد شد. به طور مثال زاکانی نماینده سابق مردم تهران در مجلس می‌گوید: «آقای رئیس‌جمهور به جای اینکه به دنبال فساد و سازمان فساد بگردند، بهتر است به برادر خودشان، دفتر خودشان و وزارت نفت توجه کنند.»
تمام این حواشی باعث شد تا غیبت چند ماه او در دولت، ‌تبدیل به سوژه رسانه‌ها شود.

صادق خرازی از چهره‌های شناخته شده جریان اصلاحات نیز در گفت‌وگویی به نقش ویژه فریدون در دولت روحانی اشاره کرده بود. او به ماجرای انتخابش به عنوان قائم‌مقام ظریف اشاره کرده و می‌گوید:‌ «با آقای ظریف سه جلسه داشتم و خواهش کردند که قائم مقامی وزارت خارجه را بپذیرم که قبول نکردم. بعد دیدم که آقای ظریف پیگیری نکرد و آقای روانچی را به منزل من فرستاد و گفت که آقای فریدون با آقای ظریف تماس گرفته و گفته که چرا می‌خواهد خرازی را به عنوان قائم‌مقام وزارت خارجه انتخاب کند! فریدون به آقای ظریف گفت اگر خرازی را بگذاری قائم‌مقام وزارت خارجه دیگر دست ما نیست و ما کاره‌ای نیستیم. ظریف هم مقاومتی نکرد. بعدها آقای روحانی پیغام داد که من با این انتخاب مخالفت نکردم.»

 تمام این سخنان و حواشی نشان می‌دهد نقش فریدون دردولت روحانی معمولی نیست و او زمینه جنجال‌های فراوانی را در دولت روحانی کلید زده است و می‌تواند در آستانه انتخابات ریاست جمهوری دوازدهم تبدیل به پاشنه آشیل روحانی باشد. رئیس‌جمهور باید هرچه زودتر فکری برای برادر خود و نقش او در دولت کند.