مختار ثقفی برای پیشبرد اهداف قیام به پیشنهاد سران شیعه از ابراهیم بن مالک‌اشتر برای همراهی در قیام دعوت به عمل آورد. ابراهیم ابتدا مردد بود ولی پس از دیدن نامه محمد بن حنفیه مبنی بر حمایت مختار و شهادت عده‌ای از بزرگان شیعه بر صحت نامه، با او بیعت کرد.

غروب سه‌شنبه ۱۲ربیع‌الاول سال ۶۶ هجری بود که ابراهیم طبق توافق قبلی با مختار، به عنوان اعلام رسمی قیام، بر مأذنه رفت و اذان گفت، سپس شیعیان در مسجد کوفه نماز مغرب را پشت سر او به جای آوردند.

ابراهیم پس از پیروزی بر عبیدالله‌بن زیاد در سال ۶۷ هجری، به موصل رفت. اندکی بعد مصعب‌بن زبیر به کوفه حمله کرد و در جنگ با مختار او را به شهادت رساند. سپس از ابراهیم خواست که از عبدالله‌بن زبیر اطاعت کند. همزمان عبدالملک‌بن مروان نیز ابراهیم را به اطاعت از خود خواند، ولی ابراهیم از آن روی که در جنگ با امویان، عبیدالله بن زیاد و تنی چند از اشراف شام را کشته بود، از پیوستن به عبدالملک بیمناک شد و به دعوت مصعب پاسخ مثبت داد.

چند سال بعد و در ۱۳ جمادی‌الآخر سال ۷۱ یا ۷۲ هجری، ابراهیم در جنگی که میان او و محمد بن مروان، یک روز پیش از جنگ اصلی میان عبدالملک و مصعب درگرفت، به‌رغم ابراز شجاعت بسیار اما به دلیل خیانت «عتّاب بن ورقاء تمیمی» شکست خورد و کشته شد.

مقبره ابراهیم بن مالک در جنوب شهر دجیل در نزدیکی سامراء واقع شده و زیارتگاه شیعیان است. این مقبره در سال ۲۰۰۵ میلادی بر اثر انفجار به دست گروه‌های تروریستی تخریب شد.

مقبره جناب ابراهیم در سال ۲۰۱۰ و با هزینه‌ای ۱.۵ میلیون دلاری تجدید بنا شد.

ضریح جدید این مقبره توسط هنرمندان ایرانی ساخته شده است.