همچنین شعارهایی از سوی عده‌ای از حاضران در راستای حمایت از رئیس‌جمهور دوره اصلاحات سر داده شد که در مقابل نیز عده‌ای دیگر شعار "مرگ بر فتنه‌گر" سر دادند. این شعارها تا جایی ادامه داشت که دقایقی در سکوهای سالن تربیت‌بدنی و با فاصله چند متر پشت سر رئیس‌جمهور بین دو طیف از دانشجویان درگیری رخ داد که بلافاصله با حضور مسئولان انتظامی این مسئله حل و فصل شد.

 شعارهای مکرر حاضران باعث شد روحانی بگوید که «ما در دانشگاه این‌جوری حرف نمی‌زدیم، ما تریبون دادیم حرف‌های‌تان را بزنید.» وی که دقایقی سرفه می‌کرد خطاب به شعاردهندگان به مزاح گفت که »شما شعار می‌دهید، اما صدای من گرفته» که این حرف رئیس‌جمهور خنده حاضران را به همراه داشت. عکس های محمدرضا عباسی عکاس مهر، امید وهاب‌زاده عکاس فارس و محمدحسن زاده عکاس تسنیم از حواشی این مراسم را در زیر می‌بینید.